Posee Torrebaja dos ríos: el Turia , que recorre su término de norte a sur -en el mismo sentido que corta la comarca-, procedente de Libros (Teruel) y camino de Valencia, por tierras de Santa Cruz de Moya (Cuenca).

En su término, y partida de las Ajuntas , le rinde las aguas el río Ebrón , su principal afluente en la comarca del Rincón de Ademuz, procedente de Tormón y El Cuervo (Teruel).